La historia comienza justo después de la primera película. Muestra como Light Yagami se une al equipo de investigación en la búsqueda del asesino en serie conocido como "Kira". Mientras L todavía sospecha fuertemente que Light es "Kira", Light intenta descifrar el nombre real de L porque asi lo puede matar con su Death Note. A la vez, una nueva serie de asesinatos en todo el mundo se están llevando a cabo, con un "Segundo Kira". Light descubre la identidad del segundo Kira y le sugiere que unan sus fuerzas para deshacerse de L. L será capaz de atrapar "Kira" antes de que él lo mate?