Diez años han pasado desde la confrontación entre Kira y L. Una vez más, los Shinigamis envían death notes al suelo y debido a esto, el mundo pronto cae en el caos. Tsukuru es un miembro del equipo de fuerza especial sobre la investigación de las death notes con otros 6 investigadores incluyendo a Matsuda que experimentó el caso de Kira hace 10 años.
Los asesinatos masivos causados por las death notes se lleva a cabo en Wall Street en los EEUU, en Shibuya en Japón y en otros lugares. El mundialmente famoso investigador privado Ryuzaki, que es el legítimo sucesor de L, también investiga los asesinatos en masa. Descubren que otras 6 libretas de muerte existe en el mundo.
A su vez, un virus informático llamado Kira se propaga en el mundo. El virus contiene el mensaje que dice que existen más death notes en todo el mundo. El enfrentamiento comienza entre la persona que quiere el avivamiento de Kira y las personas que quieren detenerlo.
